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基地位置
捷運土城線頂埔車站位於土城市中央路四段道路下方，南側毗鄰頂埔高科技產業專區（原為陸軍運輸兵學校），為一端點站，亦為與規劃中三鶯線A1站交會之轉乘站。
概念設計
頂埔站就如同交通網絡中的「節點」，在地理位置上既是臺北捷運土城線的終點，又是捷運三鶯線高架車站的起點；另方面在時間軸上，回溯以海山大規模工業化採礦榮景，傳統產業的轉型，乃至通往未來的高科技研發重鎮，呼應了「節點」另具有「時間的收斂」與「流動的重合」的意義。
本車站設計由地區環境特色出發，連接高科技奈米為未來整體車站的主軸。由二個車站位置及時間方向，由下至上、從過去到未來，形成由煤碳的碳元素（原子）進化到奈米碳管（Carbon nanotubes），並如煤礦挖掘般一層一層的展開與延伸。
整體車站設計元素有碳（Carbon）、奈米碳管（Carbon nanotubes）、陶瓷（Ceramic）、連接（Connection）、創造力（Creative）、光速（E=mc2 ），因此另一個隱藏的設計密碼則即是在所有設計元素的英文單字所形成的C密碼（C CODE）與碳奈米管的6個鍵的形狀所形成的連接。
車站配置
車站地面層上設置4個出入口。出入口A與土城分局頂埔派出所共構，出入口D及出入口B採用局部變更路型及合併量體的設計手法，再以碳奈米管的外型設計概念，分別以旋轉、抽離等方式作為出入口造型。
頂埔站出入口C用地為聯開用地，且未來將會與三鶯線A1車站出入口結合為一共構出入口，因此出入口C將會成為地下站、地上站及聯開大樓溝通的重要橋梁，故包含三鶯線A1站轉乘、聯合開發大樓連通等，皆以開發規模及土地利用率最大為設計考量。
出入口C設計是將整體動線區分為二大類：非付費動線及付費轉乘動線。建築量體造型以時間作為設計軸線，並且儘量減少地面層之使用面積，在考慮出入口C本身機能及未來擴充性，建築造型將採分期分區設計以符合設計目標。第一期將設置臨時獨立出入口C，並且預留未來各項工程介面。第二期的出入口C則由臨時獨立出入口轉變為一共構出入口，將三鶯線A1車站與頂埔車站在非付費動線與付費轉乘動線一次完成，即頂埔站於地面層出站與進站，三鶯線A1站同樣在地面層出站與進站，穿堂層則增加頂埔站三鶯線付費區轉乘動線設施，另外也提供車站與未來聯開大樓連通區域
車站室內設計
延伸整體概念設計，室內設計則是由上至下，如煤礦工業般一層一層向下挖掘，結合設計元素中的光元素，將「光」引入地下車站，隱喻著未來光明之路引入地下車站室內，使位於地下室內活動的人們，也可以享受戶外陽光感覺。
將車站室內充滿自然的太陽光，形成「光．穿堂」及「光．月台」。由「穿堂之眼」搭配光波設計，形成流線型天花，成為本車站一大特色。透過光的三種變化：「光波」、「光暈」、「光芒」轉換為車站設計中的「天」、「地」、「牆」元素。
藉由「穿堂之眼」搭配造型天花設計排列出流線型之律動形成「光波」意象及活潑的效果，穿堂層及月台層的地坪設計則是將光的第二種變化「光暈」及隱喻的字母「C」，融入至地坪設計當中。穿堂層空間配合「穿堂之眼」所產生的日光時序變化，將光的第三種變化「光十字」，融入穿堂層的牆面設計中，形成日間及夜間充滿詩意的變化。同樣利用不同顏色燈光組合，結合感應地面層溫度差異控制機制，將牆面形成一溫感光牆，讓旅客能有與戶外環境產生互動的感覺。
車站公共藝術
頂埔站公共藝術主題設定為「節點密碼－C的方程式」，有以下的多重意義：
一、煤礦、奈米碳管(Coal, Carbon nanotube)：從地底下到地面上，就像從前海山煤礦到鴻海奈米研發中心的歷程。
二、運輸傳播、社區公眾(Communication, Community)：隱涉從海山煤礦的民生物資運送、運輸兵學校的軍事運輸、到頂埔高科技園區推展的行動通訊等資訊傳遞。
三、創意、文化(Creativity, Culture)：用創意展現歷史文化，狹義公共藝術計畫「時光印記」，邀請藝術家運用地域的人文素材與材料，設計各出入口垂直動線牆面。旅客在上下的過程中閱讀頂埔的歷史記憶
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